Η υλοποίηση των αποφάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου και της Διοικητικής Επιτροπής γίνεται από τις επιστημονικές και διοικητικές υπηρεσίες του Συνδέσμου, στις οποίες προϊσταται ο Εκτελεστικός Αντιπρόεδρος.

Η διάρθρωση των υπηρεσιών περιλαμβάνει τρεις Διευθύνσεις, οι οποίες χωρίζονται σε τμήματα ανάλογα με τα αντικείμενα δραστηριότητας του Συνδέσμου.

Διεύθυνση Υπηρεσιών, με κύριο έργο:
την παροχή υπηρεσιών πληροφόρησης και προώθησης των θεμάτων των μελών του ΣΒΕ, τη δημοσιοποίηση των θέσεων του ΣΒΕ και την πραγματοποίηση εκδηλώσεων. Επίσης διεκπεραιώνει τις διοικητικές και οικονομικές λειτουργίες του Συνδέσμου διαθέτοντας τμήματα γραμματείας, πληροφοριακών συστημάτων, οικονομικών υπηρεσιών και ποιοτικού ελέγχου.

Διεύθυνση Τεκμηρίωσης και Μελετών, με κύριο έργο:
την έρευνα και ανάλυση, την παραγωγή και τεκμηρίωση των θέσεων και προτάσεων του ΣΒΕ, την εκπόνηση μελετών και τη συμμετοχή του ΣΒΕ σε αναπτυξιακά έργα.

Διεύθυνση Διεθνών Σχέσεων, περιλαμβάνει:

• το Enterprise Europe Network – Hellas (πρώην Ευρωπαϊκό Κέντρο Πληροφοριών για Επιχειρήσεις – ΕΚΠΕ) βασική αποστολή του οποίου είναι η διερεύνηση θεμάτων – πολιτικών της ΕΕ για τις επιχειρήσεις, η συστηματική παροχή πληροφοριών, η συντονισμένη συμμετοχή στο ευρωπαϊκό δίκτυο Enterprise Europe Network και η συμμετοχή σε δράσεις και προγράμματα της Ε.Ε. για λογαριασμό του ΣΒΕ
• και το Δίκτυο Φορέων Ν.Α. Ευρώπης του ΣΒΕ με στόχο την καλύτερη εκπροσώπηση και αποτελεσματικότερη λειτουργία των επιχειρήσεων μελών του ΣΒΕ στις χώρες της Ν.Α. Ευρώπης μέσω παροχής πληροφόρησης και συμβουλευτικής υποστήριξης προστιθέμενης αξίας.